Bývalou skrytou stanici Mezipatro vyřadily z provozu stavební práce v roce 2017. Roku 2021 byla na stejném místě nahrazena velmi podobnou, ale nově vybudovanou skrytou stanicí Benešov.

Mezipatro bylo velmi významným uzlem celého kolejiště se čtyřmi dopravními kolejemi a dvěma odstavnými kolejemi pro přípřežní lokomotivy. Vedla tudy jednokolejná hlavní trať z hlavního nádraží, která přecházela na dvojkolejnou trať do podzemního Spodního nádraží. (To je v nové stanici Benešov zachováno.) Dále se zde připojovala vedlejší trať z Ledečka, která tak uzavírala okruh vedlejší trati, a z opačné strany přicházela krátká spojovací trať ze Zruče.

Ve stanici byl od 4. 12. 2009 zapojen panel, který ovládal výhybky a indikoval jejich polohu. Druhý panel zatím provizorně ovládal jízdu vlaků a byl upraven tak, že umožňoval nezávislou jízdu dvou vlaků na opačných zhlavích. Pro komunikaci se stanicemi Ledečko a Spodek byla stanice vybavena polním telefonem. Do stanic Ledečko, Podbaba a Zruč byla jízda vlaku zabezpečena traťovým souhlasem.

Kvůli mnoha zaústěným tratím kladla stanice Mezipatro při provozu velké nároky na obsluhu. Ta nesměla ztratit přehled o všech okolních traťových úsecích. Při absenci vazby traťového zabezpečovacího zařízení do staničního to někdy byl velice těžký úkol a vyžadoval jen ty nejzkušenější výpravčí, o nichž se po okolních tratích dodnes hovoří jako o legendách.